教育部針對公私立大學,除了有教學研究訓輔補助之外,還有高教深根計畫,不過這項是屬於競爭型經費,因此有學校認為,可能會有小學校搶不贏大學校的問題,但也有學校認為畢竟比計畫就是各憑本事,尤其教育部要求,一定要依照學校特色作為主軸,因此每間學校的本質本來就不一樣。