台灣第一所中學是光緒11年(1885)由基督教長老教會創立的,現今的台南市長榮中學,這也是清領時代台灣唯一的中學;北部也有一所基督教長老教會早年創立的中學,就是淡江中學,明治44年(1911)成立的。
台灣第一張報紙《台灣府城教會報》使用廈門音福建話的羅馬拼音,創辦於1885年(清光緒11年)6月12日,是台灣第一份報紙、第一個大眾傳播媒介,也是至目前仍持續發行的宗教刊物,見證了台灣開發史。
除了辦醫院,台南基督教長老教會也辦特殊教育學校,現在國立台南大學附屬啟聰學校,前身是「青盲學」,是1891年甘為霖William Campbell牧師創辦的,是台灣第一所實施盲人教育的機構,教授點字、聖經、算數、手藝等。