Yahoo奇摩新聞 謝長廷接司法院長？釣魚台、鑽石公主號 細數過去8年駐日爭議
總統當選人賴清德的新內閣名單陸續出爐，至於誰將擔任未來的司法院院長，有媒體報導指出，傳賴政府屬意現任駐日代表謝長廷，是新政府的口袋人選之一。儘管如此，綜觀謝長廷擔任駐日代表近8年的表現，期間大小爭議不斷，更一度被批評是「助日代表」。
2016年，謝長廷接任駐日代表時，正逢台日漁業爭端再起之際。台灣屏東琉球籍漁船「東聖吉16號」於4月25日行經沖之鳥島海域時，遭日本公務船扣押；日方認為該船闖進經濟海域捕魚，要求台灣繳交約新台幣170萬元作為保證金，才肯放人，最後船長家屬不得不從命繳錢贖回人和船，引爆國內輿論爭議。
當時，謝長廷先是在「日本經濟新聞」專訪中針對釣魚台問題表示，台日漁業權益的問題已經大致解決，認為台日應該不會因為主權問題而使雙方的關係惡化，隨即引來批評。
正當海巡署派艦前往當地海域保護漁民，海軍拉法葉艦也出動巡弋，展示護漁決心時，謝長廷卻表態說，不贊成用軍艦解決，強調軍艦就是不惜戰爭，而日本跟美國之間簽有「美日安保條約」，如果放生戰爭等於跟美國宣戰。此言論普遍被外界認為是對日態度過軟，被解讀成「軍艦護漁就是對美國宣戰」
2016年11月，蔡政府有意解禁日本核災區福島外4縣的食品進口。面對國內憂心食安，謝長廷卻在臉書上發文表示，有人宣稱，福島等5縣的食品日本人不敢吃、日本市場不能賣，所以硬要出口到台灣，這樣的說法頗有煽動力，但不是事實，他辦公室附近的超市就有販售福島產的青菜，並隨文附上日本超市的照片，當中是標示「福島縣產」的花椰菜。
謝長廷直言說，日本人對自己的健康比我們更重視，管理也更嚴格，不可能有檢驗不合格的危險的食物還能在超市販售。立場可說是力挺日本。
2018年8月，全國首座慰安婦銅像落成，不過謝長廷卻主動在臉書上以中文和日文發文感嘆，指台灣內部的「中國政黨」擴大台日矛盾，在台南主導設置慰安婦銅像、發起禁止日本東北食物進口台灣的公民投票，作用在破壞台日關係，不言可諭。此話隨即引來外界批評，質疑他究竟是駐日代表還是日本代表？更有人直接批評是他是漢奸。
2018年9月，燕子颱風侵襲日本，各國數千旅客受困關西機場，台灣駐日單位也因為因應作為不夠積極遭到批評。據了解，大阪辦事處處長蘇啟誠為此遭到嚴厲批評，並被上級要求寫檢討報告，因不堪受辱而輕生。
外交部前部長歐鴻鍊曾上節目痛批，是駐日代表謝長廷「逼死了這個蘇啟誠。」有網友也在節目網頁下方留下「惡劣的謝代表」等負面評論。
曾是謝長廷競選時網路執行長的「卡神」楊蕙如，當時利用網軍汙衊駐大阪辦事處，被認為是間接造成蘇啟誠輕生的原因之一，楊蕙如，與網軍蔡福明皆被檢方起訴侮辱公署罪。最終，台灣高等法院將她依法判刑5月，不過楊蕙如不服，後來又聲請釋憲。
2020年，釣魚台爭議再起，日本沖繩石垣市議會通過將釣魚台列嶼的所在行政區名，從「登野城」變更為「登野城尖閣」，我國外交部對此則強調，釣魚台列嶼主權屬於我國，但謝長廷卻發文說，「1971年6月，美國宣布把釣魚台列嶼和琉球交與日本管領。並於一年後的5月15日執行，從此日本有了事實管領權。這是歷史的一頁，但有沒有人可以告訴我，當時中華民國政府做了什麼抗議？」有網友即在留言區反問：「請問您是那一國的駐日代表？」
而謝長廷也經常讓蔡政府為難，包括2020年，停靠在日本橫濱港的鑽石公主號郵輪上的船客深陷新冠肺炎疫情，謝長廷不顧中央疫情中心，在臉書上表示，已詢問郵輪鑽石公主號上的每位台灣乘客的意願，他們對於政府有意派包機接回一事表示感謝，但希望低調回台，且回台灣不必再隔離。
另外，2021年，中國大陸祭出鳳梨禁令，政府擬轉向開闢日本市場，謝長廷卻在臉書上公開說，這麼直接要求日本購買，多少是賣人情，價錢不易高，數量不會多。時任農委會主委陳吉仲也不得不對外澄清說，台灣鳳梨外銷到日本市場，近年來大幅成長，是因為日本消費者喜歡台灣國內農產品。
而日本政府去年8月正式啟動福島電廠核汙水排海作業，引發中國大陸強烈不滿。值此之際，謝長廷在臉書發文表示，311地震後，世人對放射性的議題有些敏感，「其實微量的放射性元素反而對身體有益」，例如北投溫泉、日本玉川溫泉，同樣引起國內輿論譁然。
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